En Karukinka se encuentra el complejo marginal de la Cordillera de los Andes, que se ubica por sobre el limite arbóreo. Está integrado por las cumbres de los diferentes cordones montañosos presentes en la isla, las que tienen significativa presencia de nieve. La vegetación dominante es la estepa graminosa o arbustiva, baja y rala, adaptada a la alta agresividad climática: aridez, frío y fuertes vientos. Se encuentran especies perennes que forman matas bajas, rastreras, en cojín o en placas, con gran desarrollo de órganos subterráneos, o anuales. 

Este ecosistema presenta la mayor riqueza de plantas en toda Karukinka, además de concentrarse aquí el mayor número de especies endémicas de plantas. Son propias de este ecosistema especies andinas emblemáticas, como el cóndor, además de servir de corredor para guanacos, zorros, los que evidencian presencia en rutas distribuidas en las alturas del Parque Karukinka. La mayor amenaza que enfrenta hoy día este ecosistema deriva de potenciales alteraciones en la disponibilidad de nieve y agua derivadas del cambio climático. Como en el resto de Magallanes, se evidencia aquí la presencia del castor, especie invasora que impacta vegetación y cursos de agua.