Sesuai dengan Permenhut Nomor: P.03/Menhut-II/2007 tanggal 1 Februari 2007, Permenlhk Nomor: P.18/Menlhk-II/2015 tanggal 14 April 2015, dan SK Menlhk Nomor: 335/Menlhk-Setjen/2015 tanggal 18 April 2015, maka organisasi Balai Besar TNBBS adalah unit pelaksana teknis setingkat eselon II b yang berada dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur Jenderal Konservasi Alam Sumberdaya Alam dan Ekosistem, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan RI dengan struktur organisasi sebagai berikut :

Klik Pada Gambar untuk memperbesar

Dalam pengelolaan TNBBS dibagi menjadi 2 (dua) Bidang Pengelolaan Taman Nasional Wilayah (Bidang PTN Wilayah), yaitu BPTN Wilayah I Semaka di Sukaraja Atas, BPTN Wilayah II Liwa di Liwa, dan 4 (empat) Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah (SPTN Wilayah) yaitu SPTN Wilayah I Sukaraja di Sukaraja, SPTN Wilayah II Bengkunat di Bengkunat, SPTN III Krui di Krui, dan SPTN Wilayah IV Bintuhan di Bintuhan serta dibagi dalam unit terkecil 17 (tujuh belas) resort Pengelolaan Taman Nasional Wilayah dengan tugas dan fungsi melindungi dan mengamankan seluruh kawasan TNBBS dalam mewujudkan pelestarian sumberdaya alam menuju pemanfaatan yang berkelanjutan. Ketujuh belas resort tersebut meliputi Ulu Belu Resort Sukaraja Atas, Resort Way Nipah, Resort Tampang, Resort Way Haru, Resort Pemerihan, Resort Ngambur, Resort Biha, Resort Balai Kencana, Resort Pugung Tampak, Resort Merpas, Resort Muara Sahung, Resort Makakau Ilir, Resort Lombok, Resort Balik Bukit, Resort Sekincau, Resort Suoh. Secara lebih rinci dapat dilihat pada tabel berikut :