Los pecaríes de labios blancos son particularmente sensibles a la fragmentación del bosque y la presión de la caza, y con frecuencia son las primeras especies de mamíferos grandes que desaparecen cuando los humanos colonizan una zona. Por estas razones, se ha convertido en la especie de ungulados más amenazada de Mesoamérica y actualmente están catalogados como Vulnerables en la Lista Roja de Especies Amenazadas de la UICN.
Un estudio de 2018 llevado a cabo por destacados expertos de la región encontró que la especie ha sido eliminada del 87% de su área de distribución histórica y se encuentra en estado crítico en los 7 países, con poblaciones estables y grandes solo en la Selva Maya trinacional (Guatemala, México y Belice), y en El Darién en Panamá. Todas las demás poblaciones son significativamente más pequeñas o están muy amenazadas y se están aislando a un ritmo alarmante. Este grupo recomendó que el pecarí de labios blancos sea considerado en peligro de extinción en Mesoamerica y recomendó que se tomen medidas urgentes, sobre todo la regulación de la caza y la protección y restauración del hábitat restante.