Dans les années 1980, des scientifiques soutenus par la WCS ont entrepris d'étudier une forêt peu connue dans le nord du Congo. Ils ont exploré de fascinants écosystèmes à haute intégrité, rencontré des chimpanzés "naïfs" et installé un petit camp dans ce qui allait devenir,sur la base de leurs études, le Parc national de Nouabalé-Ndoki, en 1993. 

La collaboration entre la WCS et le gouvernement du Congo qui a conduit à la création du Parc a jeté les bases d'une relation fructueuse de long terme qui a permis à la WCS de devenir un acteur majeur de la conservation en République du Congo. 

En 1999, la WCS a été le fer de lance d'un accord tripartite innovant entre le gouvernement, la WCS et une société forestière, la Congolaise Industrielle des Bois (CIB), afin d'étendre les efforts de conservation au-delà des frontières du Parc, dans les concessions où opère la CIB. 

Cet accord tripartite améliore la lutte contre le braconnage dans une zone tampon autour du Parc et engage davantage les communautés voisines du Parc dans des activités économiques durables. En 2004, la CIB a confirmé cet engagement en obtenant la certification FSC. 

En 1999, la République du Congo a également créé son premier Parc National côtier, Conkouati-Douli, cogéré avec la WCS pendant les 20 premières années. Cette implication dans le paysage du Golfe de Guinée a permis à la WCS de développer une expertise sur les questions marines, et de participer activement au processus lancé en 2017 qui a conduit à la création, en 2023, des premières Aires Marines Protégées du Congo. 

En 2001, la WCS s'est investie dans la cogestion de l'unique Réserve Communautaire du pays, créée autour du Lac Télé, au cœur de la cuvette du Congo, un puits de carbone crucial pour l'atténuation de la crise climatique. La WCS est toujours impliqué dans la gestion communautaire de cette Réserve exceptionelle, où les chercheurs ont enregistré la plus forte densité de gorilles au monde. 

Dans un troisième paysage du Congo, celui des savanes des plateaux Batéké, la WCS s'est également impliquée en 2004 à travers des études de biosurveillance et un processus de consentement libre, informé et préalable, pour contribuer à la création, en 2019, du cinquième parc national de la République du Congo, baptisé Ogoué-Leketi.